Browsing by Subject "Molecules"

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    Brico-moléculas: preparación de modelos moleculares a partir de la fórmula dibujada
    (Universidad de Murcia, Servicio de Publicaciones, 2012) Herráez, Angel
    La percepción de las moléculas como entidades tridimensionales es una destreza esencial en química y biología. Muchas herramientas informáticas adecuadas dependen de la disponibilidad de archivos de coordenadas. Es, pues, interesante disponer de una herramienta que permita a cualquiera construir a voluntad un modelo para cualquier molécula. La aplicación presentada aquí, "Brico-moléculas", se ejecuta en un navegador web sin software especial y puede usarse tanto localmente (p. ej. en CD-ROM) como en internet. La interfaz integra un panel para dibujar la estructura química, un mecanismo para generar una conformación optimizada y otro panel interactivo donde se muestra ésta en tres dimensiones. Además, la optimización en tiempo real de la estructura plana hacia una conformación tridimensional añade un gran valor pedagógico, pues el usuario ve cómo los enlaces se estiran y agitan hasta que el modelo alcanza una estereoquímica correcta. El modelo generado se puede grabar o enviar al profesor para su evaluación.
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    Development of an Acrylate Derivative Targeting the NLRP3 Inflam- masome for the Treatment of Inflammatory Bowel Disease
    (ACS Publications, 2017) Cocco, Mattia; Pellegrini, Carolina; Martínez-Banaclocha, Helios; Giorgis, Marta; Marini, Elisabetta; Costale, Annalisa; Miglio, Gianluca; Fornai, Matteo; Antonioli, Luca; López-Castejón, Gloria; Angosto, Diego; Hafner-Bratkovic, Iva; Regazzoni, Luca; Blandizzi, Corrado; Pelegrin, Pablo; Bertinaria, Massimo; Tapia Abellán, Ana; Bioquímica y Biología Molecular B e Inmunología
    Pharmacological inhibition of NLRP3 inflammasome activation may offer a new option in the treatment of Inflamma- tory Bowel Disease (IBD). In this work, we report the design, the synthesis, and the biological screening of a series of acrylate derivatives as NLRP3 inhibitors. The in vitro determination of reactivity, cytotoxicity, NLRP3 ATPase inhibition, and antipyroptotic properties allowed the selection of 11 (INF39), a stable, non toxic compound inhibiting interleukin 1β release from macrophages. Bioluminescence resonance energy transfer experiments proved that this compound was able to directly interfere with NLRP3 acti- vation in cells. In vivo studies confirmed the ability of the selected lead to alleviate the effects of DNBS-induced colitis in rats after oral administration.
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    Intraresidual correlated motions in peptide chains
    (American Chemical Society, 2019-10-31) Bastida, Adolfo; Carmona García, Javier; Zúñiga, José; Requena, Alberto; Cerezo, Javier; Química Física
    We investigate the interresidual and intraresidual correlations between dihedral displacements of adjacent residues within model polyalanine peptides by analyzing extensive molecular dynamics trajectories. Correlations are evaluated individually at different residue conformations covering the whole (ϕi ,ψi )-space. From these, we draw maps that unveil an unprecedented strong intramolecular correlation displaying opposite (correlated/anticorrelated) behaviors at different conformations. Both interresidual and intraresidual correlations arise from the propensity of the peptide to minimize the overall atomic displacements.