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    Estudio de la evolución del espaciador ribosomal intergénico 45S (IGS45S) y otras familias de ADN repetido en plantas, mediantes técnicas moleculares y citogenéticas
    (2014-06-04) Galián Megías, Jose Antonio; Rosselló Picornell, Josep Antoni; Rosato, Marcela; Facultad de Biología
    El objetivo fundamental de esta tesis fue ahondar en los procesos de evolución molecular de algunas de las distintas familias de ADN repetido que se usan de forma rutinaria en los trabajos de taxonomía, filogeografía y filogenética de plantas, para con herramientas de biología molecular (PCR, clonación, secuenciación…) y citogenética molecular (FISH) poner a prueba las teorías generalmente aceptadas sobre los procesos de variación y homogeneización de tales secuencias repetidas. En el primer trabajo de esta tesis como compendio de artículos, utilizando la secuencia de ADN satélite E180 previamente descrita para el género Medicago, diseñamos primers específicos para (1) evaluar la robustez y sensibilidad tanto de la PCR como del FISH para detectar familias de ADN repetido, (2) obtener nuevos datos sobre la evolución genómica (cariotípica) del género Medicago usando ADNsat como marcador, y (3) evaluar el rastro filogenético dejado por una familia de ADNsat en un género tan particular como Medicago, donde se tiene la evidencia de que complejos patrones de hibridación han jugado un papel fundamental en su historia evolutiva. Nuestros resultados demuestran que la detección tanto por técnicas moleculares como citogenéticas de la familia repetida E180 es altamente reproducible a través del género, y que los patrones cromosómicos sirvieron para diferenciar complejos de especies estrechamente relacionados (son taxón-específicos). El segundo trabajo de esta tesis vino motivado por las continuas referencias bibliográficas que usaban las secuencias de la familia de ADN ribosomal nuclear 5S como marcador genético en la práctica de concatenar partes diferentes de dos genes seguidos para usarlas como pertenecientes a un mismo gen, en la creencia de que la homogeneización de secuencia dentro de la familia era completa. En consecuencia comparamos la integridad de la secuencia (longitud, motivos universales conservados y estructura secundaria) y el comportamiento filogenético de zonas 5S codificantes completas en comparación con las quiméricas (concatenadas) de un grupo de genes de ADNrn 5S obtenido de varias especies estrechamente relacionadas. Los resultados que se desprenden sugieren que la homogeneización de secuencias no está operando, ni siquiera dentro de un mismo tándem, en la región codificante del ADNrn 5S, la cual había sido tradicionalmente considerada como un ejemplo de secuencia altamente conservada. De esta manera, la generalizada práctica de concatenar secuencias de genes 5S puede incrementar la diversidad haplotípica, distorsionando los patrones de evolución génica y conduciendo a relaciones haplotípicas incorrectas en algunas reconstrucciones evolutivas. En el tercer y último trabajo de la tesis, estudiamos la secuencia del espaciador intergénico (IGS) del ADNr 45S de Ginkgo biloba y Medicago arborea respectivamente. En el caso de G. biloba, y basándonos en trabajos previos, intentamos discernir si las familias de ADNrn 45S y 5S estaban o no combinadas en el mismo locus. Usando técnicas de citogenética molecular y secuenciación de ADN mostramos que la única organización existente en esta especie es la asociada (primera vez que se demuestra en gimnospermas), donde el gen 5S aparece insertado dentro del IGS 45S.
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    Impacto de la evaluación de la reactividad plaquetar y de la presencia de polimorfismos del citocromo P450, 2C19 y paraoxonasa 1 en pacientes remitidos para intervencionismo percutáneo sometidos doble antiagregación
    (2016-03-17) Cano Vivar, Pedro; Soria Arcos, Federico; Consuegra Sánchez, Luciano; Facultad de Medicina
    Fundamento y objetivos. El valor de los polimorfismos PON1-Q192R, CYP2C19*2 y *17 en la identificación del paciente pobre respondedor a clopidogrel es controvertido. Evaluamos la relación de estos polimorfismos con la reactividad plaquetar y el pronóstico a medio plazo en pacientes con síndrome coronario agudo sometidos a doble antiagregación remitidos para cateterismo cardíaco. Además, con intención de valorar la utilidad clínica de los dispositivos “a pie de cama” de medición de agregabilidad plaquetaria, realizamos un subestudio comparativo entre los dos principales dispositivos de medida de agregabilidad plaquetar: VerifyNow y Multiplate. Material y métodos. Se incluyeron prospectivamente 247 pacientes con síndrome coronario agudo. En todos se dispuso del genotipo (CYP2C19*2, CYP2C19*17, PON1-Q192R). Medimos la reactividad plaquetar con VerifyNow. Se registraron eventos adversos intrahospitalarios (muerte e infarto periprocedimiento) y durante el seguimiento (muerte, infarto miocardio, angina, accidente cerebrovascular y trombosis del stent). Para el subestudio se reclutaron 168 pacientes de nuestro centro y 83 en el Hospital de San Juan (Alicante) con diagnóstico de síndrome coronario agudo o angina estable a los que se les realizó medida de actividad plaquetar mediante los sistemas VerifyNow y Multiplate. El seguimiento y los eventos adversos registrados durante el mismo fueron similares a los del estudio principal. Resultados. Los portadores de alelos *2 de CYP2C19 presentaron una mayor reactividad plaquetar residual (PRU, media [DE], 252[76] vs. 287[74], p=0.002). Los portadores de alelos *17 de CYP2C19*17 o de alelos T (Q) de PON1-Q192R no presentaron una reactividad distinta (p>0.05). En un modelo multivariado para la predicción de pobre respuesta a clopidogrel, la contribución de CYP2C19*2 fue modesta (Wald=7.5; OR para ≥ 1 alelo *2 = 2.786, IC 95% 1.337-5.808). Fueron factores protectores independientes la hemoglobina basal (g/dL, OR 0.666, IC 95% 0.555-0.801) y el uso concomitante de estatinas (OR=0.376, IC95% 0.162-0.873). El índice de masa corporal fue un factor de riesgo (OR=1.074, IC 95% 1.005-1.148). Los polimorfismos estudiados no predijeron eventos adversos. En el caso del subestudio comparativo, identificamos como pobres respondedores a 173 (68.9%) pacientes con PRU > 235 U y 147 (58.6%) con porcentaje de inhibición < 15%, mediante VerifyNow®; mientras con Multiplate®, identificamos a 48 (19.1%) con ABC del ADP test > 53 y 89 (35.5%) con ABC del ADPhs test > 31. La proporción de pacientes no inhibidos fue significativa y sustancialmente más alta con VerifyNow® respecto a su comparador (p<0.05). En el caso de la aspirina, se identificaron a 38 (15.3%) pacientes no inhibidos mediante ARU > 550 y sólo 6 (2.4%) mediante ABC del Aspi Test > 74. Respecto de los tests de respuesta a clopidogrel, la concordancia mayor fue la del porcentaje de inhibición (VerifyNow®) y el ADPhs Test (Multiplate®) siendo κ de -0.266 (p<0.001). En el resto de las comparaciones el valor de κ fue inferior a 0.2. Para los salicilatos, la concordancia observada entre los dos analizadores fue igualmente baja (κ=0.194, p=0.001). En cuanto al evento combinado, tan solo PRU base y TRAP test mostraron un ABC ROC significativamente distinta del 0.5 (ABC ROC = 0.66, IC 95% 0.55-0.76 y 0.66, IC 95% 0.54-0.77 respectivamente). Conclusiones. El polimorfismo de CYP2C19*2 influenció la respuesta a clopidogrel de forma modesta, pero no condicionó un pronóstico distinto en pacientes con síndrome coronario agudo. Los polimorfismos de PON1-Q192R y CYP2C19*17 no influenciaron la reactividad plaquetar ni el pronóstico. En cuanto al subestudio comparativo, el grado de acuerdo en el diagnóstico de pobre respuesta a la aspirina y clopidogrel entre los sistemas VerifyNow® y Multiplate® fue globalmente pobre. La mayor reactividad plaquetar "basal" se asoció con una mayor ocurrencia de eventos adversos. Palabras clave: Isquemia miocárdica, plaquetas, genética, agregometría. ABSTRACT Background and objectives. Previous studies have shown that the metabolism of P2Y12 receptor blockers is influenced not only by CYP2C19*2 but also by PON1-Q192R alelles. We aimed to evaluate the impact of CYP2C19*2 and PON1-Q192R polymorphisms carriage in platelet reactivity and clinical outcome in patients with ischemic heart disease undergoing cardiac catheterization. In addition, intending to evaluate the clinical utility of the devices "bedside " measuring platelet aggregation , we conducted a sub-study comparison between the two main measurement devices platelet aggregability: VerifyNow and Multiplate Methods. We recruited prospectively patients with acute coronary syndrome undergoing cardiac catheterization (n=247). We evaluated the genotype (CYP2C19*2, CYP2C19*17, PON1-Q192R) with TaqMan assay and platelet aggregometry in all patients. We assessed both in and out-of-hospital events (unstable angina, periprocedural and spontaneous myocardial infarction, myocardial infarction, all-cause death, stent thrombosis and stroke) during follow-up. For the substudy 168 patients of our hospital and 83 patients in the San Juan Hospital (Alicante) were enrolled with acute coronary syndrome or stable angina who underwent platelet activity measured by the VerifyNow and Multiplate systems. Monitoring and adverse events recorded during the same were similar to those of the main study. Results. Carriers of CYP2C19*2 alleles showed a significant higher residual platelet reactivity (PRU, mean [SD], 252[76] vs. 287[74], p=0.002). Carriers of PON1-Q192R CT (RQ) and TT(QQ) alleles and CYP2C19*17 did not present a different response to clopidogrel. In a multivariable setting for the prediction of platelet reactivity, the contribution of CYP2C19*2 was modest (Wald=7.5; OR para ≥ 1 alelo *2 = 2.786, 95% CI 1.337-5.808). Independent predictors were baseline hemoglobine levels (g/dL, OR 0.666, 95% CI 0.555-0.801) and the use of statins (OR=0.376, 95% CI 0.162-0.873). Body mass index was a risk factor (OR=1.074, CI 95% 1.005-1.148). Studied polymorphisms did not predict an adverse outcome. In the case of comparative sub-study, we identified as poor responders to 173 (68.9%) patients with PRU> 235 U and 147 (58.6%) percent inhibition with <15% by VerifyNow®; while with Multiplate®, we identified 48 (19.1%) with ABC ADP test> 53 and 89 (35.5%) with ABC test ADPhs> 31. The proportion of patients was not inhibited significantly and substantially higher with respect to VerifyNow® the comparator (p <0.05). In the case of aspirin, they were identified 38 (15.3%) patients not inhibited by ARU> 550 and only 6 (2.4%) by ABC Aspi Test> 74. Regarding tests response to clopidogrel, as agreement was the percent inhibition (VerifyNow®) and ADPhs Test (Multiplate®) being κ of -0266 (p <0.001). In other comparisons κ value was less than 0.2. To salicylates, the observed agreement between the two analyzers was also low (κ = 0.194, p = 0.001). As for the combined event, just PRU base and TRAP test they showed significantly different ABC 0.5 ROC (AUC ROC = 0.66, 95% CI 0.55 to 0.76 and 0.66, 95% CI from 0.54 to 0.77 respectively) Conclusions. CYP2C19*2 polymorphism influenced moderately platelet reactivity but did not show an impact on clinical outcome in patients with acute coronary syndrome. CYP2C19*17 nor PON1-Q192R polymorphisms showed an impact upon platelet reactivity or outcome. As for the comparative substudy, the degree of agreement in the diagnosis of poor response to aspirin and clopidogrel among VerifyNow® and Multiplate® systems was generally poor. Most platelet reactivity "basal" was associated with an increased occurrence of adverse events. Key words. Ischemic cardiac disease, platelets, genetics, aggregometry.